Aktuelle WMV-Codecs installieren. Eventuell auch aktuelle DirectX-Version aufspielen. Da gabs ein Update im Februar bzw März.

http://www.microsoft.com/windows/windowsmedia/forpros/format/codecdownload.aspx
http://www.microsoft.com/downloads/details.aspx?FamilyID=fff5ed7d-3446-4583-b2c9-8db1bc10b16e&displaylang=de

Das eigentliche schneiden übernimmt das Kommandozeilenprogramm asfbin. Hast das schon?
http://www.radioactivepages.com/english/asfbin.html

Wie läuft das decodieren? Hab schon Horrormeldungen von mehreren Stunden Decodierzeit auf 98/Me gehört...