So - der Datenkeller hat sich inzwischen bequemt mir die "lein_gegen_Gross_Das_unglaubliche_Duell_21.01 .02_ 20-15_ard_195_TVOON_DE.mpg.HD.avi.otrkey" zu auf meinen FTP-Server zu pushen.

Erster Test: Durchführung meines Standard-Schnitts mit Cutana-Batchlauf.
Ergebnis: Sowohl Originaldatei als auch geschnittene Datei haben die richtige Aspect-Ratio und werden (mit VLC) korrekt dargestellt.

Das führt mich zu dem Schluss, dass Dein Schnittprogramm anscheinend mit einer falschen Einstellung HD-Videos schneidet.
Wenn Du VD direkt nutzt und Du ja auch die Codec-Einstellungen geprüft hast ist es jedenfalls kein Standard-Problem.

Aber vielleicht rollen wir das Problem mal von hinten auf:
Mit welcher Auflösung wurde die Datei nach dem Schnitt gespeichert?
Mit welcher Abspiel-Software hast Du das geschnittene Video abgespielt?