Alles was neu gerendert wird, muss vorher erstmal dekodiert werden. Kann also auch ein Decoder Problem sein bzw. ein generelles VD Problem.
Vielleicht ändert sich was, wenn du einen anderen Decoder verwendest.
Tritt das Problem auch bei Avidemux 2.6.x auf? (AVI erst nach MKV konvertieren, die 2.6 unterstützt mit Absicht kein H264-in-AVI mehr)
mfg,
monarc