ich habe dasselbe Problem.
Allerdings benutze ich zum Abspielen das Vista Media Center, das bietet leider keine Option das Seitenverhältnis manuell einzustellen, so dass sämtliche RTL 16:9 Filme verzerrt dargestellt werden. Der MPEG4Modifier hilft auch nur eingeschränkt, da sich mit ihm die HQ's nicht bearbeiten lassen.
Gibt es keine Möglichkeit, dass OTR gleich die richtigen flags in den Dateien setzt?