Habs jetzt mit {k,c}utlist.sh zum Laufen bekommen. Mein Problem war, dass ich die Erstellung der Cutlist und die Anwendung auf zwei verschiedenen Rechnern und mit zwei verschiedenen Avidemux-Versionen (2.0.42 vs. 2.3) durchgeführt hatte. (wodurch sich auch die von bowmore fehlenden Segmente im Projektfile erklären.) Anscheinend hat sich das Projektformat geändert.
Nach der einheitlichen Installation von Avidemux 2.3 liefs rund.