Encodierungsfehler beheben?

Ahoi,

ich hab letztes Jahr eine ganze Staffel Doctor Who im HQ Format geladen und geschnitten. Aus Gründen die mir nicht mehr bekannt sind hatte ich eine falsche Version von ffdshow mit falschen Einstellungen installiert.
Jetzt ist mir das aufgefallen. Leider bedeutet es für mich das VLC die Dateien nicht korrekt abspielt. Der Part der beim smart-rendering neu encodiert wurde wird abgespielt, dann bleibt das Bild hängen. Der DivX Player z.Bsp. spielt die Aufnahmen ab wählt jedoch ein falschen Seitenverhältnis. Nun möchte ich die Dateien retten durch neues encodieren, bei dem ich außerdem die seiten croppen möchte da auf den BBC One aufnahmen links und rechts Ränder von 8-10 pixeln sind.
Erste Versuche einer neu Encodierung mit Handbrake ergaben eine Ton Verschiebung. Gering aber leider doch auffällig. Die Einstellungen die ich beim smart-rendering mit VD nutze stellen mich leider beim kompletten encodieren nicht zufrieden...

Hatte von euch schonmal jemand ein ähnliches Problem? Wenn ja wie gelöst? Oder gibt es eine Möglichkeit die genaue Verschiebung auszuruchnen um die Tonspur zu verschieben?

Edit: Auch nur Tips zum alleinigen Cropping sind gern gesehen.