Ich habe diese folgende Dateie auch getestet und bei mir ist der gleiche Fehler aufgetreten.

Star_Trek_22.09.04_02-35_zdf_115_TVOON_DE.mpg.HD.avi
Star_Trek_22.09.04_02-35_zdf_115_TVOON_DE.mpg.HD.ac3

gemuxt mit MKVToolNix zu
Star_Trek_22.09.04_02-35_zdf_115_TVOON_DE.mpg.HD.mkv

Gleiche Fehlermeldung wie bei Dir.

Bei meinen anderen Dateien, die ich sonst mit MKV Cutter geschnitten habe, ist so ein Fehler noch nie aufgetreten.

Ich verstehe nicht, welche Audio Format Veränderung da passiert/passiert ist ("Audio format change detected").