Ich hatte mit Cut Assistant auch noch nie Probleme beim Schneiden von HD-Avis mit AC3.

Und zum Mischen verwende ich unter Windows die OTR-Lemminge. Einfach eine beliebige Anzahl HD-Avis samt zugehöriger AC3s ins Eingangsverzeichnis, Skript A-AVI-mit-AC3-mixen.bat starten, und nach ein paar Minuten liegen die Ergebnisse im Ausgangsverzeichnis.